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每一种植物都有它特定的繁殖方式，或有性繁殖，或无性繁殖，或二者兼具。在自然条件下，绝大多数植物都以有性繁殖为主，只有在人为的干预下才进行无性繁殖，如枝条扦插、嫁接及现代的组织培养和细胞克隆繁殖。睡莲属(nymphaea)植物较为特殊，在该属所含的50多个种中，有的只能进行有性繁殖，有的则只能通过块茎的分生进行繁殖，有的则两者兼具。在无性繁殖中也有各种不同的形式，除同块茎分生外，还有以地下走茎增生，有的则以叶片或花的“胎生”（viviparous）来增殖。表现出极为广泛的多样性。
有性繁殖
在耐寒睡莲和热带睡莲中，都有只进行有性繁殖的种，如耐寒睡莲(hardy water lily)中的子午莲(nymphaea tetragona)和热带睡莲(tropecal water lily)中的海角睡莲(nymphaea capensis)。前者在中国黑龙江省、新疆和长江中下游地区都有自然分布，此种植物娇小，花小，花瓣少，它的指型块茎(finger rhizome)为宿存性多年生，每年长出植株开花结实，它的宿存块茎不产生分枝或不定芽，全靠种子进行繁殖。后者原产非洲南部，大型植株。叶大，花大，色艳，有蓝色、粉红色变种，它们的菠萝型块茎少有分生，主要进行有性繁殖，它的果实较大，内含种子数多达5000粒以上，繁殖系数很大，而且实生苗当年就可以开花结实。以其为母本的杂交实生苗，一经选出优良株系，经连续自交与定向培育，在三四年内即可获得稳定纯系，可以通过有性繁殖获得大量性状同型的个体，为良种的推广种植提供良好的基础。但在我国南方气候暖热，此种睡莲可以一年四季开花结实，在湖、塘栽培应严加控制。
无性繁殖
很多具有marliac块茎型的耐寒睡莲品种，如n.“attraction”cv.,n.“masanillo”cv.,n.“x somptuosa marliac”cv.等，它们虽开花很多，但不具结实能力，其块茎水平生长，粗壮，结构坚实，块茎随着生长从侧面长出分生芽，其分生芽分布较密集，近呈簇生状，每个侧芽都可独立成分支并开花。由于其分生和生长快，很快可以形成庞大的群体。其块茎组织坚实，侧芽往往不易剥下，需用快刀切割分离，单个芽块种植，当年不仅可以开花，而且形成群体。
在热带睡莲中，如晚上开花的印度红睡莲(n.rubra)也不能结实，以分生球茎进行繁殖。几乎所有的晚上开花睡莲，都有类似的繁殖形式，它的无性繁殖有两种方式，在生长期内，从母株老球茎上长出水平生长的地下茎，在地下茎的末端长成小芽并长成植株，早期长成的新植株，当年可以开花，通常在母株的周围可以看到大量的此类小植株。到夏末秋初生长后期，在母株老球茎的中下部和基部会长出形状不规则的球茎，此种球茎当年不发芽生长，它们处于休眠状态，只有到次年春天温度适宜时才长出新苗。在我国长江中下游地区，此类休眠球茎可以在泥中自然越冬，到春天自然长出。
有性繁殖和无性繁殖兼具
属于odorata和tuberosa块茎型的耐寒睡莲种、变种和栽培品种，都有同时具有结实和块茎分生繁殖的能力。
具odorata型块茎的种和栽培品种，其块茎水平生长，粗壮的肉质结构块茎，组织较松软，在生长季节，沿着块茎的长向长出分生芽，这些芽若不加摘除，它会长成粗壮的侧枝，生长很快，往往可以长到四五级侧枝，每个侧枝都可以开花，所以此类品种开花甚多，花期也长，繁殖系数大。由于它们具有良好的结实能力，是用于杂交育种的优良亲本材料。所选育成的新品种，其数量增殖也快。
具tuberosa型块茎的种和栽培品种，其块茎呈细长棒状，组织结构松软，近似“海绵”状，此类品种，其块茎生长快，沿块茎的长向长出很多侧芽，这些侧芽球很容易剥脱，由于长出的侧芽多，其繁殖系数比odorata型块茎的品种繁殖更快，但采下种植后，通常到第二年才开花。tuberosa型块茎的品种，具有较强的结实能力。子粒也较大，它们也是用于人工杂交育种作亲本的好材料。一旦获得优良株系，可以通过块茎分生繁殖而迅速扩大其群体，也可以通过连续自交而获得纯系优良品种。
“胎生”(viviparous)繁殖
这里所说的“胎生”不是如同哺乳动物经有性过程产生的胚胎，而是指从植物母体上直接萌发长成新幼体。这种现象在植物界是较为特殊的繁殖方式，而在睡莲中较为常见，它们从叶片或花中长出新幼体。
耐寒睡莲的“胎生”新幼体多从花朵中长出，而热带睡莲则主要从叶片长出，从叶片与叶柄结合处（叶脐）长出幼小植株。在母体叶片的幼叶期，即可明显看到叶脐处出现毛状物，随着叶片的长大和成熟，叶脐从略突起到长成完整的小植株。当老叶渐枯后，小植株靠叶柄与母体相联获得营养，待叶柄腐烂后，小苗即可离开母体自由漂流。生长早期产生的这些幼小植株，采下种植后，当年即可开花。由于每一片叶都可以长成一个新植株，其繁殖系数特别大。
耐寒睡莲可以胎生的品种有：“colonel a.j.welch”,“cherokee”,“perry’s pink dilight”,“perry’s red star”,“perry’s viviparous pink”
热带睡莲可以“胎生”的品种有：
晚上开花热带睡莲：n.lotus偶有从花中长出新植株。
白天开花的热带睡莲：用n.micrantha作亲本培育出了不少具胎生特征的栽培品种,如：‘august kock’,‘bagdad’,‘blue brid’,‘charles thomas’,‘daubenina’等
墨西哥黄睡莲繁殖型
墨西哥黄睡莲(nymphaea mexicana)分布在北美南部，是一种较为特殊的睡莲，有的学者把它划归热带睡莲，有的说它是半耐寒睡莲，它具有3种繁殖方式：第一，它可以进行有性繁殖，虽然花较小，但结实率高，其籽料是睡莲属植物中较大的，几乎有绿豆粒大，发芽力也很强，在杂交育种中它是提供黄色基因的重要材料，所以被育种家们广泛采用。第二，在生长季节里，它可以从母株的块茎长出水平生长的地下走茎，在走茎的每一节都可长出新的植株，这个新株又可以长出新的地下走茎。在年生长期内，它可以形成庞大的群体，具有很强的侵占力，抑制其他品种的生长。第三，从每个植株的球茎长出另外一种地下走茎，在这种走茎的末梢长成一个“鸡爪”形的休眠越冬芽，这种芽群由3至5对营养棒组成，营养棒呈“香蕉”状，在两个对生营养棒之间的是芽体。这种越冬芽可以在泥土中保存多年，它们不是下一年同步长出新株，有的可以潜伏3年以上，每年都有新苗陆续长出。种植此种睡莲的田块或水池，要清除它极为困难，由于它们具有3种繁殖方式，侵占力极强，并且较难清除，在引种栽培中应严加控制。
其他形式
有些热带睡莲（如n.capensin）在生长期内若遇到不良的环境条件，它们会停止生长，叶片逐渐枯死，根系腐烂，与此同时，在其块茎生长区形成一个坚硬的卵形光滑球体，顶芽潜在其中，进入休眠状态，到次年遇到适宜的环境条件时，它才重新长出，这种休眠球芽，充满着淀粉，可以在泥土中保存多年。
